Use conda to install scanpy

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Preface

最近Genome Biology发了一个基于python的单细胞分析工具，针对目前越来越大的单细胞数据进行了优化，速度很快。
所以尝试用conda安装看看，方便管理环境。

文章链接：SCANPY: large-scale single-cell gene expression data analysis

Github: Scanpy – Single-Cell Analysis in Python

Procedure

本机系统

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sudo lsb_release -a
#> No LSB modules are available.
#> Distributor ID: Ubuntu
#> Description:    Ubuntu 16.04.4 LTS
#> Release:        16.04
#> Codename:       xenial

设置一下镜像站

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conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --set show_channel_urls yes

创造环境

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conda create -n scanpy python=3.6

国内镜像应该很快，等待安装完成。。。

激活环境，安装scanpy及其依赖，根据文档，依赖顺序很重要

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source activate scanpy
pip install scanpy

Oops，报错了

更新一下pip重新再装一次

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pip install --upgrade pip

仔细看了一下。。好像是网速的问题。。

通过国内镜像安装

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pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple scanpy
pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple python-igraph
pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple louvain

完成。没出什么问题。